カエル型宇宙人のケロロ軍曹とその部下たちが巻き起こす騒動を描き、子供から大人まで幅広い人気を誇るギャグアニメの劇場版第2弾。かつて地球侵略にやって来たマロン星人の末裔、メール王子と従者のマール。たった2人になってしまった国の再建を目論む彼らは、新たなプリンセス候補として、ケロロ軍曹が居候している日向家の長女、夏美を深海の王国に連れ去ってしまう。ケロロ軍曹たちは夏美救出大作戦を開始するが……。